La chiesa di San Francesco, fiancheggiata da un alto campanile di fattura analoga a quello della cattedrale nella decorazione ad archetti pensili del sottotetto, fu costruita a partire dal 1255 circa, è stata edificata secondo criteri funzionali alla predicazione: ha un’unica navata a pianta rettangolare, coperta da capriate lignee nella zona destinata ai fedeli e da due ampie volte a crociera ogivale nella zona presbiteriale. La facciata a spioventi ha un’unica porta d’ingresso architravata e sormontata da una lunetta semicircolare. Interessante la presenza di elementi decorativi cistercensi nella decorazione del sottotetto a beccarelli sgusciati e nel rosone di fattura analoga a quello della facciata di S.Maria Maggiore.Modifiche strutturali al convento e all’arredo iconografico della chiesa vennero realizzate nella prima metà del Settecento ad opera dei Francescani e dopo il 1814, quando i francescani vennero sostituiti dai Gesuiti. A quest’ultimi si deve in particolare la decorazione illusionista ad affresco della parete absidale rettilinea: una finta abside concava, delimitata da due colonne laterali con capitelli corinzi e sormontata da un catino cassettonato, accoglie la pala d’altare, una tela raffigurante la Madonna col Bambino ed i Santi Ignazio e Francesco Saverio (sec. XVIII-XIX) di autore di probabile provenienza romana. Nella campata intermedia tra la navata coperta a capriate e la zona del presbiterio sulle pareti laterali ci sono altari dedicati a Sant’Antonio di Padova e a San Francesco. Sull’altare di sinistra, si trova la tela centinata raffigurante le stimmate di San Francesco mentre su quella di destra è stata esposta una piccola tela raffigurante La Madonna Addolorata, opera del pittore ceccanese Marco Gizzi. Nel 1872 nei locali del piano terra dell’ex convento venne costituito il Museo Civico. In esso vennero collocati insieme ai reperti archeologici di epoca romana anche rilievi medievali. La collezione epigrafica del Comune di Ferentino non è copiosa, ma è importantissima perchè raccoglie quasi tutte le iscrizioni trovate negli anni 1844 e seguenti nella contrada, a poca distanza da Porta S.Maria, nel terreno dove è anche il monumento equestre di Aulo Quintilio Prisco, allora di proprietà dei fratelli Bono, eruditi locali dell’Ottocento.